ההפניה למרכז נעשית על ידי מחלקות הרווחה המקומיות ועל ידי מרכז ההגנה, השכן. לכל מטופל נבנית תוכנית טיפול אישית ומשפחתית המותאמת לגילו, למצבו ולרקע התרבותי שלו. לרוב היא תכלול פגישות טיפוליות לנפגע/ת ופגישות טיפוליות להורים. הילדים לרוב מגיעים בשעות אחר הצוהריים ובערב כדי לא להפריע ללימודים וההורים מגיעים בעיקר בבוקר. "התפיסה הטיפולית שלנו היא שבמקרים רבים הפגיעה המינית הינה חלק ממכלול החיים הרחב של הילד והמשפחה, ובהתאם לכך הטיפול יתייחס לכלל מרחבי החיים של הילד ומשפחתו".

ישנם מקרים, במיוחד בפגיעות בגיל הרך, שילדים לא מראים תסמינים של מצוקה בעקבות הפגיעה. במקרים אלה, נעשה טיפול בהורות שיסייע להורים להתמודד עם החוויות שלהם ועם חוויות הילד שלהם.

האוכלוסייה המגיעה למרכז מייצגת את הגיוון התרבותי הרחב הקיים בירושלים- דתיים, חרדים, חילונים וערבים. עד גיל 12 יש דמיון בין מספר הנפגעים לנפגעות שמגיעים לטיפול. מעל גיל 12 הפער גדל, ויש ירידה באחוזי הבנים המגיעים לטיפול. ההנחה היא שלמתבגרים בנים קשה יותר להגיע לטיפול, בייחוד סביב פגיעות מיניות. לגבי הפוגעים – רוב המטופלים הם בנים אבל יש כ-10% בנות עם התנהגויות מיניות לא מותאמות פוגעניות. חשוב להכיר בזה שגם בנות יכולות לפגוע.