אוכלוסיית הקטינים הפוגעים מינית נחלקת לשתי קבוצות גיל עיקריות מבחינת אפשרויות הטיפול והגופים הממונים על כך:
1. ילדים מעל גיל 12, גיל האחריות הפלילית הנהוג בשיטת המשפט בישראל (להלן קטינים).
2. ילדים שטרם מלאו להם 12 שנים.

קטינים מעל גיל 12 שפגעו מינית דומים למבוגרים עוברי חוק ולא לעברייני מין ומכאן אף נגזרים ההתייחסות והטיפול בהם. במשפט הפלילי בישראל אין, למעשה, הבחנה בין קטינים עוברי חוק לבגירים עוברי חוק ועל פי חוק העונשין, התשל"ז – 1977, ניתן להחיל על קטין כל עונש שניתן להחיל על בגיר. כאשר קטין מעל גיל 12 חשוד במעשה פלילי ובמשטרה מחליטים לפתוח תיק נגדו, הוא מופנה אל שירות המבחן לנוער בצו המשטרה בהליך שנקרא "הפניית קטין".
עם הפניית הקטין בידי המשטרה הוא מוזמן לשירות המבחן לנוער, נערכת עמו היכרות ונעשית הערכת מצב. נבחנת השאלה אם המעשה הפלילי שביצע היה חד פעמי או שמא מדובר במעשים חוזרים ונשנים. אם על פי הערכת שירות המבחן לנוער, מדובר במעשה חד פעמי, ימליץ השירות למשטרה לסגור את התיק. אם עולה חשש כי הקטין יתדרדר וימשיך לבצע עבירות, לא יומלץ על סגירת התיק. יש להדגיש כי ההחלטה אם יוגש כתב אישום היא בידי המשטרה בלבד. אם המשטרה מגישה כתב אישום, הקטין יובא לבית המשפט לנוער. קצין המבחן לנוער יכתוב תסקיר עבור בית המשפט שבו יפרוס בפניו את תמונה מצבו של הנער במלואה, כולל המלצה להמשך טיפול בהתאם להערכת מצב. לפי חוק הנוער קיימות מספר המלצות טיפוליות, החל בקלה ביותר שהיא אזהרה ועד להפניה למעון נעול מכוח צו טיפול ובמקרים החמורים פחות – פיקוח של קצין מבחן לנוער, תחת צו פיקוח.

קטינים שנמצאים בפיקוח שירות המבחן לנוער או רשות חסות הנוער מקבלים טיפול במסגרת התכנית לטיפול בעברייני מין מתבגרים המופעלת כיום על ידי עמותת על"ם. קטינים המרצים עונשי מאסר מקבלים טיפול בכלא אופק בפרוייקט משותף של על"ם והשב"ס. הטיפול בילדים ובני נוער פוגעים מינית הוא טיפול קוגניטיבי-התנהגותי משום שלרוב אין מדובר בהפרעת מין של הילד אלא בעיקר בהפרעת התנהגות שמופיעה דרך מיניות.

יש לציין כי בהתאם לנאמר לעיל, שיעור הקטינים המורשעים בגין עבירות מין נמוך מאוד – 0.2 ל-10,000 קטינים (על פי נתוני הלמ"ס) וזאת בשל עקרון השיקום הקיים בחוק הנוער (שפיטה, ענישה ודרכי טיפול).
 

הטיפול בילדים פוגעים מינית שגילם מתחת לגיל 12

מערכת הרווחה אחראית על הטיפול בילדים פוגעים מינית שגילם מתחת לגיל האחריות הפלילית.

כאשר מגיע לעובד סוציאלי לחוק הנוער דיווח על מקרה של תקיפה מינית שבוצע בידי ילד מתחת לגיל 12 הוא מפנה את הילד לטיפול על פי חוק הנוער (טיפול והשגחה). השאיפה היא להגיע להסכמה עם ההורים באשר לצורך בטיפול ולפעול בשיתוף פעולה עימם. בהיעדר הסכמת הורים, ובהעדר ברירה, יפנה העו"ס לחוק הנוער לבית משפט לנוער ויבקש להכריז על הילד כעל קטין נזקק ולקבוע דרכי טיפול והשגחה לרבות חיוב של הילד לקבל טיפול הולם.

במקביל להפנייה לטיפול, על העו"ס לחוק הנוער להעביר למשטרה את המידע שהגיע אליו בצירוף המלצה לפעול (למשל למצות את בירור העובדות) או להימנע מלפעול בנושא הדיווח על פי חוק חובת הדיווח, אם קיבל פטור מוועדת הפטור. בנוגע למידע על ילדים שאינם בגיל האחריות הפלילית על המשטרה לפעול בדרכים מיוחדות שיאפשרו לשקם את הילדים המעורבים, לצד מעקב עתידי על תפקודו של הילד הפוגע. בעקבות ההפניה למשטרה, יגיע הילד הפוגע לחקירה בידי חוקר ילדים. 
עו"ס לחוק הנוער יפנה את הילד הפוגע לטיפול, הטיפול יחל לאחר שחוקר הילדים יסיים את עבודתו.